9p21.3染色体是一个与忽视常染色体显性癌症易感概括征有关的基因座，其特征为早发性玄色素瘤及广谱神经系统肿瘤。该中枢区域中两个主要抑癌基因——细胞周期依赖性激酶遏制因子2A和2B（CDKN2A与CDKN2B）以及长链非编码RNA ANRIL常发生共缺失。本文报谈一例妊妇，其自 13 岁起已发生跳跃 20 个丛状神经纤维瘤，并资格 11 次手术切除，未发现玄色素瘤或其它肿瘤。通过全外显子组测序（WES）检测出累及CDKN2A及ANRIL 1番外显子（但未累及CDKN2B）的胚系9p21.3缺失，并经定量PCR阐发。通过拷贝数变异检测（CNV-seq）履行产前会诊后撸撸射影院，该妊娠因胎儿受累而经知情采纳断绝。通过对 8 例佩带胚系9p21.3缺失病例的归来性基因型-表型有关性分析发现，本磋议中缺失限度最小的病例仅阐述为丛状神经纤维瘤，且两名东亚裔病例均无玄色素瘤。本磋议数据指示9p21.3缺失可当作神经纤维瘤的潜在鉴别会诊，并强调对WES数据进行CNV分析的迫切性，因小片断缺失在惯例分析中易被遗漏。

背 景

9p21.3染色体是一个与忽视常染色体显性癌症易感概括征有关的基因座，其特征为早发性皮肤玄色素瘤及广谱神经系统肿瘤。两个主要基因——细胞周期依赖性激酶遏制因子2A和2B（CDKN2A与CDKN2B）一语气定位于9p21.3区域：CDKN2A通过可变阅读框编码p16INK4A和p14ARF，而CDKN2B编码p15INK4B。这些卵白当作抑癌因子，通过视网膜母细胞瘤（Rb）和p53通路协同作用阻挠细胞周期程度。此外，与CDKN2B序列近似且位于CDKN2A上游的大型非编码RNA ANRIL（CDKN2B-AS1）以反义标的转录，通过转录遏制CDKN2A和CDKN2B调控多种肿瘤的易理性。相近的其他基因如甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）及微型反义非编码RNA CDKN2A-DT也常发生共缺失，但其在肿瘤发生中的作用尚未明确。

迄今仅有 7 例佩带胚系9p21.3缺失的病例被报谈，其缺失限度和肿瘤谱存在异质性。本文报谈一例妊娠期女性患者，其胚系9p21.3杂合性缺失累及CDKN2A、CDKN2A-DT及ANRIL 1番外显子，临床仅阐述为多发性丛状神经纤维瘤（PNFs）。这是当今已知最小且未累及CDKN2B的9p21.3缺失病例，亦然首例针对此类患者履行的产前会诊与生殖遗传究诘。

病 例

患者女，31 岁，孕 1 产 0，体重 62 kg，身高 162 cm，因多发活检证实的神经纤维瘤于妊娠 14 盘活诊至遗传究诘门诊。因自幼被收养，家眷史省略（图1A）。患者 13 岁时于左小腿初度发现两个直径 2.5–3.0 cm的神经纤维瘤。尔后每年新增 1–2 个肿瘤，至就诊时累计跳跃 20 个。肿瘤主要逼近于左下肢皮下，仅一例位于盆腔深部。患者已罗致 11 次神经纤维瘤手术切除（代表性像片如图1B-D所示）。病理查抄撑捏丛状神经纤维瘤（PNF）的典型特征（图1E）。身体查抄及皮肤伍德灯查抄未发现神经纤维瘤病1型（NF1）的其它临床指征（如咖啡牛奶斑、腋窝或腹股沟黑点），眼科查抄亦未发现虹膜色素痣（Lisch结节）。

▲图1

（A)病例家系图；(B)左小腿及足底近期手术切口缝合处像片；（C)术中从左坐骨神经切除肿瘤；(D)从患儿左腿切除的代表性大体丛状神经纤维瘤组织；(E)HE染色的低倍（2.5倍）组织病理学图像

在获取书面知情甘心后，网络先证者外周血样本进行全外显子组测序（WES）以寻找潜在遗传颓势。通过WES数据中掩盖reads的减少，怀疑存在累及CDKN2A、CDKN2A-DT及ANRIL 1番外显子的9p21.3杂合性小片断缺失（图2A）。凭证拿获外显子掩盖限度（GRCh37/hg19 chr9:21，967，137_21，995，160），该缺失揣度为 28 kb。为考证此效劳，针对CDKN2A编码区野心五对引物进行定量PCR（qPCR）分析，效劳走漏总计扩增片断丰采均降至内参对照的一半（图2B）。依据好意思国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）指南，该缺失因统统掩盖CDKN2A基因，并已明确导致CDKN2A基因单倍剂量不及，被归类为“致病性”。CDKN2A与玄色素瘤及神经系统肿瘤易感概括征（OMIM 155755）、玄色素瘤-胰腺癌概括征（OMIM 606719）及皮肤恶性玄色素瘤2型（OMIM 155601）有关。WES数据中未发现神经纤维瘤病1型及2型（NF1和NF2）基因变异，同期通过多重络续探针扩增技能（MLPA）根除了NF1和NF2的外显子缺失或重复（数据未展示）。对WES原始数据中其他已知与神经纤维瘤及玄色素瘤有关的候选基因变异进行了致密审查，总计等位基因频率低于 0.01 的变异列于附表S1，其中无“致病性”或“可能致病性”变异。综上，累及CDKN2A、CDKN2A-DT及ANRIL 1番外显子的9p21.3杂合性微缺失应为先证者多发性丛状神经纤维瘤的致病原因。建议患者幸免抽烟饮酒、谛视防晒、接种东谈主乳头瘤病毒（HPV）疫苗，并通过如期随访监测肿瘤情况。

▲图2

(A)通过对WES数据进行CNV分析，发现CDKN2A、CDKN2A-DT和ANRIL 1番外显子的拷贝数缺失；(B)使用五对引物进行定量PCR，检测CDKN2A基因的单倍体不及；(C)CNV-seq检测发现9p21.3染色体上 21，900，000 到 22，000，000 处的微缺失。蓝线线路患者拷贝数的比例弧线，缺失以红色箭头隆起走漏；(D)已报谈的波及CDKN2A/CDKN2B/ANRIL基因座的胚系 9p21.3微缺失线路图

▲附表S1 先证者神经纤维瘤和玄色素瘤有关基因的胚系变异

患者佳偶条目对这一致残性疾病进行产前会诊，遂于妊娠 18 周行羊膜腔穿刺术。羊水细胞核型分析效劳正常，而拷贝数变异测序（CNV-seq）走漏胎儿9p21.3染色体存在 0.1 Mb杂合性缺失（GRCh37/hg19 chr9:21，900，000_22，000，000，图2C），掩盖MTAP基因终末 1 个外显子、CDKN2A、CDKN2A-DT及ANRIL 1番外显子。重新核查妊妇WES数据中MTAP基因8番外显子及3'UTR区域的测序掩盖情况，走漏reads数量正常，并经qPCR考证。鉴于WES与CNV-seq技能分辨率的各别，胎儿佩带的缺失应开头于母系遗传。检测后遗传究诘中，患者被奉告胎儿罹患早发性癌症易感概括征。经深切评估癌前病变及恶性肿瘤风险后，于妊娠 20 周知情采纳断绝妊娠。由于该微缺失存在 50% 的遗传概率，建议其再次妊娠时采用胚胎植入前遗传学检测（PGT），并专揽羊水细胞剩余DNA进行单倍型构建。近期随访走漏，该女性已通过PGT妊娠，再次行羊膜腔穿刺产前会诊走漏核型及CNV-seq效劳均正常。

当今已报谈（含本病例）共 8 例9p21.3微缺失病例（图2D）。患者东谈主种配景种种，其中高加索东谈主最多（3/8）。缺失限度从 28 kb至跳跃 2 Mb不等。除本病例外，总计缺失均掩盖CDKN2A/CDKN2B/ANRIL基因座全段终点侧翼基因（flanking gene）。表型上，玄色素瘤是特征性阐述，发生率为 75%（6/8）。未发生玄色素瘤的两例患者分别来改过加坡与中国。其它皮肤阐述包括非典型/发育不良痣或交壤痣（3/8）、鳞状乳头状瘤或癌（3/8）。总计病例均存在不同类型神经系统肿瘤，包括神经纤维瘤（4/8）、星形细胞瘤（4/8）、外周神经鞘瘤（2/8）及脑膜瘤（1/8）。此外，一例患者还报谈了骨外骨赘瘤、初级别恶性肌纤维母细胞赘瘤及淋巴上皮癌等其它肿瘤。对比走漏，本病例缺失限度最小，仅阐述为最轻症的丛状神经纤维瘤（PNF），且与另一东亚裔病例相似均无玄色素瘤发生。

讨 论

胚系9p21.3缺失累及一语气的CDKN2A/CDKN2B/ANRIL区域可阐述为癌症易感概括征，其临床特征与神经纤维瘤病1型（NF1）、家眷性非典型多发痣玄色素瘤概括征（FAMMM）及李-法好意思尼概括征（LFS）存在近似。该先证者因神经纤维瘤早发且快速增多曾被磋议为NF1，但经查抄未见咖啡牛奶斑、腋窝/腹股沟黑点或虹膜色素痣（Lisch结节）。通过WES及MLPA检测，未发现NF1和NF2基因的微引言列变异或外显子缺失/重复。致密分析WES数据时，磋议东谈主员发现CDKN2A、CDKN2A-DT及ANRIL 1番外显子的测序掩盖度裁减，指示存在 28 kb的9p21.3杂合性微缺失。通过五对引物的qPCR考证，阐发CDKN2A（中枢卵白编码基因）存在杂合性缺失。该微缺失因掩盖已明确的CDKN2A基因单倍剂量不及，被归类为“致病性”。短read（short-read）二代测序技能通过WES识别小片断拷贝数变异（CNV）时时具有挑战性。因此，对于多发性神经纤维瘤患者，需稀零关心9p21.3区域的CNV检测。

本病例是迄今报谈的最小胚系9p21.3缺失，累及CDKN2A但未累及CDKN2B。已知CDKN2A是家眷性玄色素瘤中最常突变的高风险基因。佩带者罹患玄色素瘤的风险较普通东谈主群增多 65 倍以上，终身外显率达 60%-90%。由于玄色素瘤和神经外胚层具有共同胚胎发祥，部分胚系CDKN2A突变易同期激励玄色素瘤和神经系统肿瘤。值得谛视的是，本病例患者既未发现玄色素瘤，也无发育不良痣等癌前病变，且未不雅察到其它皮肤肿瘤。文件归来走漏，仅有一例新加坡病例佩带累及CDKN2A、CDKN2B及MTAP与ANRIL部分基因的胚系9p21.3缺失，阐述为头颈部鳞状细胞癌而无玄色素瘤。CDKN2B终点它相近基因的叠加作用可能促进玄色素瘤发生，因CDKN2B编码的p15卵白抒发已被证实可鉴识痣与玄色素瘤。同期，东亚裔的种族配景、环境身分及患者厉害的防晒坚强也绝交忽视。往常需更多亚洲病例以深切分析有关性，且不行根除此类病例发生迟发型玄色素瘤的可能性。

通过文件归来，既往报谈的总计胚系9p21.3缺失病例均掩盖CDKN2A/CDKN2B/ANRIL基因座全段。其肿瘤类型普通，包括但不限于恶性玄色素瘤及神经系统肿瘤（如星形细胞瘤、神经纤维瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤）。一例佩带 1.7 Mb缺失（累及FOCAD、搅扰素基因簇、MTAP、CDKN2A、CDNK2A-DT、CDKN2B及ANRIL）的伊拉克病例阐述为多种恶性肿瘤，包括玄色素瘤、骨外骨赘瘤、淋巴上皮癌、低度恶性肌纤维母细胞赘瘤、间变性多形性黄色星形细胞瘤、星形细胞瘤以及 16 个良性或癌前病变；而一例佩带更大限度（2.135 Mb）缺失的意大利病例则阐述为较少的肿瘤类型（玄色素瘤、发育不良痣及间变性星形细胞瘤）。肿瘤易理性不行浅易归因于缺失限度的大小，尤其当有关基因的致癌风险尚未统统叙述时，其他基因组位点的相互作用可能参与其中。比拟之下，本病例佩带最小的28 kb缺失，累及CDKN2A、CDNK2A-DT及ANRIL 1番外显子。CDNK2A-DT是位于CDKN2A 3'UTR区域的微型反义非编码RNA基因，其致癌作用尚未明确。ANRIL为包含 19–21 个外显子的大型反义非编码RNA基因（全长 126 kb），其1番外显子位于CDKN2A运行子区，通过表不雅遗传千里默该基因簇的其他成员调控癌症进展。尚不解确其1番外显子缺失是否会统统碎裂ANRIL转录比肩斥其致癌作用。本病例当今仅阐述为良性的丛状神经纤维瘤（PNF），指示CDKN2B（可能还包括ANRIL）在肿瘤发生中具有协同作用。

针对癌症易感概括征的检测后遗传究诘波及生殖采纳，是临床濒临的挑战。好意思国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）对于产前全外显子组测序（WES）的指南建议将部分晚发型基因（包括癌症有关基因）当作次要发现进行答复。丛状神经纤维瘤（PNF）是一种组织学良性的外周神经鞘瘤，但其可引起功能毁伤、无理及难过，并增多滚动为非典型神经纤维瘤（ANF）及进一步恶变为侵袭性恶性周围神经鞘瘤（MPNST）的风险。本病例患者已历经 11 次手术切除，其佳偶提议的产前会诊需求应被允许，断绝受累胎儿妊娠的知情采纳也应得到尊重。鉴于患者被收养无法记忆家系且缺失限度远小于 1 Mb，专揽剩余羊水细胞DNA完成单倍体构建后，通过胚胎植入前遗传学检测（PGT）及后续产前会诊到手得到未受累胎儿的妊娠。

综上，本文报谈了一例佩带迄今最小胚系9p21.3微缺失（累及CDKN2A但未累及CDKN2B）的妊娠期女性患者，其仅阐述为多发性丛状神经纤维瘤（PNFs）而无玄色素瘤。本磋议数据彭胀了9p21.3微缺失的基因型-表型有关性，指示9p21.3缺失可当作神经纤维瘤的潜在鉴别会诊，并强调对全外显子组测序（WES）数据进行拷贝数变异（CNV）分析的迫切性，因小片断缺失在惯例分析中易被遗漏。同期，本文共享了针对此类患者的产前会诊、遗传究诘及生殖采纳的临床履行劝诫。

我司可提供全外显子组测序遗传病检测（WES）：针对单基因遗传病，全外显子检测2万+个指标基因（包含线粒体），掩盖点突变（SNV）、小片断插入缺失（Indel）以及基因扩增（CNV）等变异类型，评估单基因遗传病及遗传性肿瘤的发病风险。我司还可提供遗传病染色体特别CNV-Seq检测（不罗致产前标本），通过CNV-seq检测排查患者染色体层面的特别（三体、≥100kb的染色体片断微缺失或微重复等），用于评估多种复杂疾病的遗传病因。

参考文件：

Zhang Y， Li X， Gao H撸撸射影院， Qiu C， Liu X. Case report: The smallest 9p21.3 microdeletion involving CDKN2A but not CDKN2B causes multiple plexiform neurofibromas. Front Oncol. 2025 Feb 19;15:1437093. doi: 10.3389/fonc.2025.1437093. PMID: 40046620; PMCID: PMC11880698.